Kościół został wybudowany przez władze carskie razem z koszarami w latach 1903-1905. Po odzyskaniu niepodległości w okresie międzywojennym był tu rzymskokatolicki kościół garnizonowy dla 2 Pułku Strzelców Konnych. W czasie okupacji Niemcy z kościoła zrobili stajnię i magazyny dla swoich wojsk . W latach 1944-1953 służył celom religijnym zarówno dla wojska, jak i ludności cywilnej. Zamknięty przez władze komunistyczne i przekazany między innymi na magazyn słomy, sienników. Wojsko korzystało z budynku, ale go nie remontowało. Dach przeciekał, co sprawiło, że budynek w zawrotnym tempie uległ dewastacji, okna zostały powybijane, rzeźbione drzwi zastąpiono deskami. Na dachu rosły brzozy grubości nogi, wszak strop był ocieplany torfem, a wiatr naniósł nasiona różnych drzew. Korzenie rozsadzały mur kościoła. Władze państwowe kilkakrotnie przymierzały się do zburzenia kościoła. Zawalił się strop i wieże.
Od roku 1969 rozpoczęto starania o odzyskanie i odbudowę kościoła. Prowadził je ks. Stanisław Chomicz ówczesny wikariusz. Pisano listy do I Sekretarza KC, do premiera, Ministra Obrony Narodowej, władz wojewódzkich, Prymasa Polski i wielu innych, którzy mogli zrobić coś w tej sprawie. Niestety, wszyscy odpowiadali, że trzeba czekać. Po 11 latach usilnych starań mieszkańców Hrubieszowa, a w tym dzięki szczególnej pomocy prof. dr. Wiktora Zina, oddano na 10 lat kościół w stanie totalnego zniszczenia. Przystąpiono do kapitalnego remontu. 27 VI 1982 r. Biskup Pomocniczy prof. dr Piotr Hemperek w czasie uroczystości odpustowej odczytał dekret Biskupa Lubelskiego o utworzeniu w Hrubieszowie Parafii pw. MBN Pomocy, dokonując rekonsekracji odzyskanego kościoła. Pierwszym proboszczem został ks. kan. Stanisław Chomicz. Z dawnego wyposażenia zachowały się jedynie dwa żyrandole. 27 lipca 1983 r. przejął obowiązki proboszcza ks. mgr Andrzej Puzon. Ponowne uruchomienie kościoła pozwoliło na ożywienie życia religijnego, społecznego i kulturalnego wśród niemal wszystkich mieszkańców Hrubieszowa.
Ważniejsze wydarzenia z życia nowo powstałej parafii:
- 24 IX 1946 r. wizytacja ks. bp. Stefana Wyszyńskiego w kościele MBNP i Koszarach,
- w 1981 r. wybudowano ogrodzenie kościoła,
- w 1983 r. odbudowano 2 wieże, wykonano odwodnienie i obłożono marmurem filary kościoła,
- w 1985 r. rozpoczęto budowę Domu Parafialnego wraz z częścią katechetyczną o pow. 600 m2; rozpoczęto naukę katechezy w nowych salach katechetycznych,
- w 1986 r. wybudowano chodniki wokół kościoła oraz stacje Drogi Krzyżowej w świątyni i w parkanie na zewnątrz kościoła,
- w 1987 r. ufundowano tabernakulum i rozpoczęto budowę kaplicy w Dziekanowie pw. MB Anielskiej,
- w 1989 zakupiono działkę wraz z budynkiem na punkt katechetyczny w Obrowcu i oddano do zamieszkania budynek Domu Parafialnego,
- 21 I 1991 r. z chwilą przywrócenia Ordynariatu Polowego, utworzono personalną Parafię Wojskową, a obecny proboszcz jest kapelanem w stopniu podpułkownika,
- w 1992 r. wybudowano dzwonnicę i ufundowano do niej 2 dzwony, a także jeden do kaplicy w Dziekanowie,
- w 1993 r. ufundowano ławki do kościoła,
- w 1994 r. wykonano przed kościołem schody z piaskowca,
- w 1995 wykonano ogrodzenie od strony jezdni wg projektu prof. Wiktora Zina i położono nowy chodnik,
- w 1995 r. powstała Stacja Opieki Caritas,
- w 1996 r. wykonano i ufundowano 1 2 witraży przedstawiających 1 2 Apostołów - wykonawcami byli artyści z Kijowa,
- w 1998 r. ogrodzono kaplicę w Dziekanowie,
- w 2000 r. ufundowano trzeci dzwon ważący 600 kg do dzwonnicy na 600-lecie miasta Hrubieszowa, zakupiono włoskie organy Viscont dla kościoła,
- 14-15 IX 2001 r. wizytacja kanoniczna parafii przez Biskupa Zamojsko-Lubaczowskiego prof. dr. hab. Jana Śrutwy,
- w 2002 r. dokonano rekonstrukcji głównego ołtarza wg projektu prof. Zina.
- 16-17 VI 2004 r. parafia przeżyła peregrynacje kopi Jasnogórskiego Obrazu. Misje przed peregrynacją prowadził O. Stanisław Kiełbasa Redemptorysta z Zamościa. Uroczystości peregrynacji przewodniczył JE Ks. bp Marcian Trofimiak z Łucka Ukraina,
- 1 III 2005 r. JE Ks. bp Tadeusz Płocki - Ordynariusz Polowy odwiedził 29 Pułk Rozpoznawczy oraz spotkał się z żołnierzami i ich rodzinami,
- 24 IV 2005 r. wizytacja kanoniczna parafii przez JE Ks. bp dr Mariusza Leszczyńskiego,
- 3 V 2005 r. Msza św. na Cmentarzu Żydowskim we Lwowie odprawiana przez Ks. prałata Andrzeja Puzona w oprawie zespołu "Lechici" pod kierunkiem Leszka Opały,
- 1 VI 2005 r. Dzień Dziecka we wszystkich szpitalach diecezji pod przewodnictwem Ks. bp dr. Mariusza Leszczyńskiego i Ks. prałata Andrzeja Puzona,
- 10 X 2005 10-lecie Stacji Opieki Caritas w parafii MBNP pod przewodnictwem JE Ks. bp prof. dr. Hab. Jana Śrutwy,
- 6 XI 2005 r. X Ogólnopolski Festiwal Pieśni Patriotycznej i Religijnej pod przewodnictwem Biskupa Polowego W.P gen. dyw. Tadeusza Płoskiego,
- 3 VI 2006 r. święcenia kapłańskie przyjęło dwóch młodzieńców Ks. Wojciech Steć i Ks. Sławomir Skowroński którzy odprawili tzw. prymicje w Parafii MBNP w Hrubieszowie,
- 25 VI 2006 r. odpust ku czci MBNP w Hrubieszowie sumę odprawił JE Ks. bp Witalis Skomorowski z Żytomierza ? Ukraina,
- 28-31 VIII 2006 r. odbyła się pielgrzymka do Wilna - Ostrej Bramy Litwa,
- IV 2007 r. malowanie Kościoła Parafialnego według projektu prof. Wiktora Zina
- 24 VI 2007 r. sumę odpustową odprawił JE Ks. bp Stanisław Wielgus który udzielił młodzieży tutejszej parafii sakramentu bierzmowania. Msza św. była transmitowana przez TV Trwam,
- 8 X 2007 r. 15 lecie Caritas Diecezji pod przewodnictwem JE Ks. bp Wacława Depo oraz dyr. Caritas Polska Mariana Subocza,
- 22 VI 2008 r. sumę odpustowa odprawił i Słowo Boże wygłosił JE Ks. Kardynał Stanisław Nagy z Krakowa. W tym dniu obchodził 25-lecie pracy duszpasterskiej w Hrubieszowie. Ks. prałat Andrzej Puzon - proboszcz i dziekan Hrubieszowa,
- w 2008 r. dokonano ocieplenia stropu kościoła i całego Domu Parafialnego łącznie z wymiana okien,
- 3 VI 2009 r. Rejonowy Dzień Dziecka pod przewodnictwem JE Ks. bp Wacława Depo,
- 21 VI 2009 r. odpustowa sumę odprawił JE Ks. bp Marcian Trofimiak z Łucka,
- IX 2009 r. pomalowano dachy Kościoła Kaplicy i Domu Parafialnego,
- 12 X 2009 r. Święto Edukacji Narodowej Msza św. pod przewodnictwem Ks. prof. Ryszarda Dumy z Lublina w intencji naszych i wychowawców połączona z koncertem ?Jan Paweł II - papież wolności?
W parafii bardzo aktywnie działają: Akcja Katolicka, Rada Duszpasterska, Legion Maryi, Koła Żywego Różańca dorosłych i dzieci, Caritas, KSM, Oaza, lektorzy, ministranci, zespół "Lechici" - grupa młodzieżowa i dziecięca. Warto zwrócić uwagę na Mszę św. dla młodzieży i dzieci, obsługiwaną przez młodzież (zwłaszcza KSM), Oazy, zespół "Lechici". To oni mają spotkania formacyjne, adoracje Najświętszego Sakramentu, rekolekcje, ogniska, redagują parafialną gazetkę "Jedność" i przygotowują oprawę liturgiczną razem z młodzieżą hrubieszowskich szkół. Piękną wizytówką i ambasadorem naszej parafii jest zespół "Lechici" - grupa młodzieżowa i dziecięca. Liczy sobie już 19 lat, jest laureatem wielu festiwali religijno-patriotycznych. Obsługiwał wokalnie Mszę Św. z udziałem Ojca Św. między innymi w Krośnie, Zamościu. Parafia posiada profil cywilno-wojskowy, może poszczycić się organizacją jedynego w Wojsku Polskim Ogólnopolskiego Festiwalu Pieśni Patriotycznej i Religijnej Wojska Polskiego. Z racji swego geograficznego i historycznego położenia parafia współpracuje z Polakami na Wołyniu, pomaga w odzyskaniu kościołów i polskich cmentarzy. W parafii jest prowadzone duszpasterstwo nauczycieli, żołnierzy, inteligencji, młodzieży, dzieci.
źródła:Ks. Stanisław Gorczyński; Hrubieszów i powiat hrubieszowski 1400 - 2000 Stanisław Jadczak, Lublin 2000.Ks. prałat, ppłk Andrzej Puzon